El primero de julio se ha actualizado la versión 5.0 de spanish para babel a la 5.0d, que se puede descargar de ctan.. Esta versión corrige dos errores:
Aunque se supone que la incompatibilidad con hyperref se había solucionado con la 5.0, parece que este paquete también intentó solucionarlo y el resultado es que volvió a aparecer. Espero que esta vez ya deje de haber problemas.